R is een programmeertaal voor wiskunde en statistiek met zeer brede toepassingen in uiteenlopende vakgebieden. Belangrijke toepassingsgebieden van R in bijvoorbeeld levenswetenschappen zijn statistiek, systeembiologie, genomics, bioinformatica, beeldverwerking, en nog veel meer.

De gebruiksinterface van R is rudimentair en zoals je in onderstaande afbeelding ziet heb je bij het starten van R alleen een RGui (R Graphical User Inrterface) met daarin een R Console venster. Dit werkt niet heel fijn, want dit forceert je om direct je code in de Console te typen of om vaak gebruik te moeten maken van menu-opties en verschillende vensters binnen R.

Om R gebruiksvriendelijker te maken heb je RStudio geïnstalleerd. Dit is een zogenaamde integrated development environment (IDE) voor R. Wanneer je RStudio opent werk je eigenlijk in R via een ingebouwde, geoptimaliseerde interface. We noemen dit in het vervolg de R omgeving. In het volgende hoofdstuk maken we je wegwijs in deze omgeving.

Een alternatief voor RStudio is het gebruik van Jupiter Notebooks (maar enkel in combinatie met Python). Geïnteresseerden kunnen hierover op het Internet voldoende documentatie vinden. We gaan er niet verder op in omdat het gebruik van RStudio gemeengoed is en meestal ook verwacht wordt in onderzoek en onderwijs.